Los secuenciadores de software es la forma más común de secuenciador de música que se encuentra hoy en día ya que pueden hacer uso de la potencia de procesamiento de un ordenador moderno. Pueden darnos más control sobre muchos ajustes, niveles y parámetros diferentes, normalmente más que en los dispositivos de hardware.
Hoy en día, no encontrarás muchos programas de software dedicados exclusivamente a la secuenciación, pero si formando parte como secuenciación integrada en todos los programas DAW populares, como Cubase, Logic, Ableton Live y Pro Tools, por ejemplo.